Akhirnya semester 2 telah dimulai. Setelah eksploitasi mereka di pulau saat liburan musim panas, siswa-siswi kelas 3-E terus mengasah kemampuan "membunuh" mereka dengan target yaitu guru mereka sendiri, "Koro-sensei". Mereka tidak hanya mengkhawatirkan guru mereka, namun juga musuh mereka yang sama-sama mengincar hadiah dari "kepala" Koro-sensei.

Selain itu saingan mereka kelas 3-A dan kepala sekolah SMP Kunugigaoka mereka, terus berupaya untuk mencegah kelas 3-E agar tidak unggul dalam bidang akademik. Dengan semua hambatan dan rintangan yang dihadapi kelas 3-E, mereka harus dapat bekerja sama agar mencapai tujuan yang sama.