Dunia telah tertutupi oleh pasir yang tak berujung, dan terdapat sebuah pulau yang dikenal sebagai "Mud Whale" atau Paus Lumpur. Didalamnya terdapat kota kuno yang mayoritas penduduknya memiliki "mark" atau tanda yang memberi mereka kekuatan supranatural dengan mengorbankan kematian yang tidak disengaja.
Chakuro adalah juru arsip desa, ia menghabiskan waktunya untuk mendokumentasikan penemuan pulau-pulau yang baru ditemukan. Namun tidak berbeda seperti pulau lainnya, pulau temuan itu  kosong dan hanya memiliki sisa-sisa manusia tinggal.
Dan setelah 6 bulan mengembara, ia melihat pulau baru di garis horizon. Chakuro dan teman-temannya yang tergabung menjadi team ekspedisi, melakukan ekspedisi dan mendapatkan sisa-sisa peradaban kuno. Dan didalam reruntuhan, Chakuro menemukan seorang gadis yang mungkin saja mengubah takdirnya dan dunia didalam Mud Whale.